Bubble Marble ist ein Spiel mit bunten Kugeln, die wie eine Kreuzung aus glänzenden Murmeln und Wasserperlen aussehen. Vor dem Hintergrund einer außerirdischen Welt hängen die Blasen in Mustern von einer horizontalen Stange am oberen Rand des Spielfelds. Der Spieler muss drei oder mehr Blasen zum Platzen bringen, um in 80 Levels Punkte zu sammeln.
Der Spieler verwendet ein Hauptprojektil in einem Kanonen-Shooter, der wie ein altertümlicher Tonkrug aussieht. Er kann jederzeit ein zweites angezeigtes Projektil abschießen, indem er die Doppelpfeile in der unteren linken Ecke des Bildschirms benutzt, um die Projektile zu wechseln. Nach einem erfolgreichen Schuss verschwindet ein Bündel passender Blasen, ohne zu platzen. Bleiben bei dieser Aktion einige nicht passende Blasen unverbunden mit dem Rest der hängenden Blasen, lässt das Spiel die Blasen in den Farben Orange, Gelb und Rot heftig explodieren.
Bubble Marble macht das Spiel in mehrfacher Hinsicht extrem schwer. Es zeigt eine Ziellinie an, die aus drei kleinen grünen Blasen besteht. Bei den meisten beliebten Bubble Shootern, die dieses Tool anbieten, passt die Linie zur Farbe des Geschosses und erstreckt sich in der Regel bis zur Hälfte des Spielfelds. In diesem Spiel bleiben die Blasen immer grün und in einer kurzen Linie. Daher kann das Spiel einige Spieler dazu verleiten, mit nicht farblich passenden Projektilen auf grüne Blasen zu schießen.
Außerdem bringt dieses Spiel die Schießstrategie des Spielers durcheinander, indem es mitten im Spiel die Muster ändert. Es rollt hängende Blasen in verschiedene Richtungen, wodurch neue Konfigurationen entstehen. Einige Projektile gleiten auch gegen nicht zusammenpassende Blasen, ohne hängen zu bleiben, und bleiben dann vor, hinter oder über anderen Blasen stehen. Einige Blasen bleiben sogar auf der oberen Schiene über einem hängenden Muster stehen.
