Endless Bubbles ist ein Bubble-Shooter. Vor dem Hintergrund einer nächtlichen Alien-Invasion versucht der Spieler, die höchste Punktzahl aller Zeiten zu erreichen, indem er Projektile abschießt, um Gruppen von drei oder mehr zusammenhängenden, passenden Blasen zum Platzen zu bringen. Wie der Name des Spiels schon sagt, ist es ein endloses Erlebnis, es sei denn, der Spieler lässt die Blasen das Spielfeld hinunterrutschen, bis eine unter die Höhe der Projektilblase sinkt, oder er gibt einfach für den Tag auf.
Der Spieler benutzt weder einen Pfeil, eine Kanone, einen Ring oder einen ähnlichen klassischen Shooter noch ein System, mit dem er Projektile aufladen oder austauschen kann. Stattdessen erhält er ein Projektil am unteren Rand des Feldes in der Mitte und eine Vorschau auf die nächsten drei verfügbaren Projektile unterhalb des Feldes. Das Spiel stellt außerdem einen mattierten Suchscheinwerfer, der sich zu einem Punkt verjüngt, als Zieloption zur Verfügung. Wenn der Spieler das Projektil erfolgreich einsetzt, um einen Cluster zu erzeugen, platzen die Blasen und geben Punkte frei, die in einen Bereich in der oberen Mitte des Feldes fließen.
Endless Bubbles verfügt über ein Free-Pass-System, d. h., der Spieler kann bis zu fünf Mal ohne Strafe versagen, wenn er Blasen zum Platzen bringt. Anders als bei Spielen, bei denen das Verschwinden von grauen oder silbergrauen Kugeln diese Durchgänge markiert, gibt es bei diesem Spiel ein Blitz-Energiesymbol und eine Zahl, die jedes Mal abnimmt. Wenn der Spieler schließlich eine Strafe erhält, fließt eine neue Reihe von Blasen auf den Bildschirm und das Spiel gibt ihm weitere Durchgänge.
