Magical Bubble Shooter ist ein Spiel mit magischen Kreaturen und einem Weltraumthema, bei dem Blasen geknallt werden. Auf einem nächtlichen Planeten mit Blick auf andere Welten muss der Spieler Gruppen von drei oder mehr Blasen mit passenden Projektilen zerplatzen lassen, um kleine magische Kreaturen zu retten, die in einigen Clustern gefangen sind, hohe Punkte zu verdienen und die Spielfelder zu räumen. Um die höchstmögliche Punktzahl zu erreichen, muss der Spieler diese Aufgabe schnell und ohne den Einsatz vieler verfügbarer Projektile erledigen. Außerdem müssen sie versuchen, drei Sterne pro Level zu verdienen, um ihre Fähigkeiten beim Blasenschießen zu beweisen.
Das Spiel bietet 24 Levels. Anders als bei vielen ähnlichen Spielen muss der Spieler nicht erst einen Level gewinnen, um einen weiteren freizuschalten. Er kann jederzeit ein beliebiges Level zum Spielen auswählen. Er erhält eine gepunktete Ziellinie, die ihm hilft, bestimmte Bereiche anzuvisieren. Das Spiel ermöglicht es dem Spieler außerdem, die Blasen mit Hilfe einer Taste, die mit zwei halbkreisförmigen Pfeilen markiert ist, gegen einen Felsen in der Nähe der Kreatur zu tauschen, um wiederholte Kombinationstreffer zu ermöglichen. In jedem Level schießt der Spieler Blasenprojektile ab, die über dem Kopf einer magischen Kreatur schweben. Er kann Ziele in einer geraden Linie abschießen oder Schüsse im Winkel zu den Seiten des Spielfelds abgeben.
Magical Bubble Shooter bietet dem Spieler einen vertikalen Fortschrittsbalken in der oberen linken Ecke, der sich orange färbt, wenn er sich füllt. Die Anzahl der verbleibenden Projektile kann auf einem Holzschild in der unteren rechten Ecke abgelesen werden. Das Spiel bietet aber auch ein Ablenkungselement. Der Mund jeder Kreatur öffnet und schließt sich während des Spiels.
