Bubble Game 3 to podstawowa gra polegająca na przebijaniu bąbelków, w której znajdują się bąbelki o błyszczącym, mokrym wyglądzie, wiszące na polu gry za pomocą prostej strzałki i miotacza pocisków. Wyświetla pięć srebrnych kropek farby i podgląd następnego pocisku po lewej stronie strzelca.
Gracz próbuje oczyścić całe pole, zanim wiszące bąbelki przesuną się zbyt blisko strzelca, uderzając w dwie lub więcej bąbelków przypominających farbę pociskiem w dopasowanym kolorze. Zanim zaczną, używają kropki farby konfiguracyjnej na prawym pasku bocznym, aby dostosować kolory pola do swoich unikalnych preferencji w oparciu o odcienie czerwieni, zieleni i błękitu. Następnie ustawiają się w szeregu i strzelają pociskami, aby rozbić bąbelki farby.
Srebrne kropki z farbą w grze Bubble Game 3 pełnią tę samą funkcję, co wszystkie podobne srebrne bąbelki w grach polegających na przebijaniu bąbelków. Jeśli graczowi nie uda się rozbić bąbelków jednym strzałem, używa jednego z tych bąbelków jako zapłaty za kontynuację gry bez kary. Jeśli wykorzystają wszystkie te bąbelki, gra ukara je, dodając dodatkowy poziomy rząd bąbelków w różnych kolorach na górze pola, co utrudni strącenie wszystkich wiszących bąbelków.
Jeśli gracz w dowolnym momencie opuści zakładkę, gra automatycznie się zatrzyma. Mogą kontynuować od miejsca, w którym skończyli, wybierając przycisk Odtwórz malowanie w wyskakującym okienku.
