Bubble Shooter Pro offre tout le plaisir de tir à bulles qu'un joueur peut souhaiter dans un format élégant. Le joueur suit les mêmes règles que pour la plupart des jeux de tir à bulles. Ils obtiennent le score le plus élevé possible en tirant un mélange de bulles suspendues de couleur bonbon sur un champ bleu dégradé avec des bulles comme projectiles.
Les bulles n'éclatent que si le joueur frappe une paire de bulles liées ou plus qui correspondent à la couleur du projectile. Les bulles, ainsi que toutes les bulles qui ne correspondent pas sous la ligne liée, tombent et rebondissent jusqu'à ce qu'elles tombent dans une zone de notation comportant des montants de points séparés par des murs courts (50 | 100 | 250 | 100 | 50). Les bulles rebondissent parfois quelques secondes avant de retomber dans une section.
Le joueur reçoit une ligne de visée pointillée bleu foncé pour l'aider à aligner les tirs, ce qui est une fonctionnalité intéressante étant donné qu'il pourrait avoir besoin de faire rebondir des projectiles sur les parois latérales. Ils reçoivent également un avertissement concernant la prochaine couleur du projectile et jusqu'à cinq fautes qu'ils peuvent commettre avant que le jeu n'émette une pénalité en ajoutant de nouvelles bulles sur le terrain.
Bubble Shooter Pro démarre automatiquement le joueur au niveau Novice. S'ils utilisent l'onglet du menu hamburger à trois lignes dans le coin inférieur gauche pour accéder à l'écran de configuration, ils peuvent passer au niveau Expert ou Maître.