Bubble Game 3 Deluxe è una versione ampliata di Bubble Game 3 che offre tantissime aggiunte divertenti, tra cui un sistema di acquisto basato su monete da utilizzare in un nuovo negozio e fantastici sfondi e bolle con disegni artistici unici. Tutti gli altri aspetti del classico gioco scoppiabolle rimangono gli stessi.
Il giocatore deve far scoppiare ogni bolla prima che queste scivolino oltre il fondo del campo sopra il lanciatore. Eseguono questa azione sparando proiettili con l'aiuto di una freccia tracciata da una linea. Tentano di colpire con ogni tiro o rischiano una penalità che comporta l'aggiunta di una fila extra al campo dopo cinque colpi falliti. Un fallimento si verifica ogni volta che il giocatore non colpisce due o più bolle collegate e dello stesso colore con un proiettile dello stesso colore.
Gli extra di Bubble Game 3 Deluxe cambiano la posta in gioco. Invece di tentare solo di guadagnare il punteggio più alto mentre pulisce il campo, il giocatore tenta anche di accedere ai nuovi disegni artistici utilizzando le monete guadagnate con ogni successo e premi bonus giornalieri o guardando la pubblicità. Il giocatore può personalizzare lo sfondo con un colore a tinta unita tramite il pulsante Impostazioni, ma la nuova grafica cambia l'intero aspetto del gioco.
A differenza dell'originale, questa versione non va in pausa quando il giocatore lascia la scheda. Detto questo, poiché il gioco non ha un elemento temporizzato, la mancanza di un'opzione di pausa non ha importanza.