Bubble Game 3 Deluxe is een uitgebreide versie van Bubble Game 3 die veel leuke toevoegingen biedt, waaronder een op munten gebaseerd aankoopsysteem voor gebruik in een nieuwe winkel en coole achtergronden en bubbels met unieke artistieke ontwerpen. Alle andere aspecten van het klassieke bubbelknallende spel blijven hetzelfde.
De speler moet elke bubbel laten knappen voordat de bubbels langs de onderkant van het veld boven de schutter glijden. Ze voeren deze actie uit door projectielen af te schieten met behulp van een lijngetekende pijl. Ze proberen bij elk schot een treffer te maken of riskeren een strafschop waarbij het spel na vijf mislukte treffers een extra rij aan het veld toevoegt. Er treedt een fout op wanneer de speler niet twee of meer gekoppelde bubbels in dezelfde kleur raakt met een projectiel met dezelfde kleur.
De extra's in Bubble Game 3 Deluxe veranderen de inzet. In plaats van dat de speler alleen probeert de hoogste score te behalen terwijl hij het veld leegmaakt, proberen ze ook toegang te krijgen tot de nieuwe kunstontwerpen door munten te gebruiken die worden verdiend bij elke treffer en dagelijkse bonusbeloningen of door advertenties te bekijken. De speler kan de achtergrond aanpassen met een effen kleur via de knop Instellingen, maar het nieuwe artwork verandert het hele uiterlijk van het spel.
In tegenstelling tot het origineel pauzeert deze versie niet wanneer de speler het tabblad verlaat. Dat gezegd hebbende, aangezien de game geen getimed element heeft, doet het ontbreken van een pauze-optie er eigenlijk niet toe.
