Bubble Town is een bubbel-knallend spel. De Borb Bay Borbs hebben de hulp van de speler nodig om een invasie van buitenaardse wezens genaamd de Lumps te stoppen. De enige manier om terug te vechten is door een helder kanon te gebruiken om Borb-hoofden naar de hoofden van Borbs, Lumps en andere soorten belvormige objecten op speelvelden in 50 niveaus te schieten.
De speler kan alleen Borb-hoofden redden en Lump-hoofden laten vallen door projectielkoppen te gebruiken om bijpassende sets van drie of meer koppen op het veld te creëren. Ze krijgen wat hulp bij het richten van de schoten vanaf een laserrichtlijn. Als ze een set compleet hebben, vallen de hoofden van het veld. Het spel plaatst niet-bijpassende koppen die onder de set zijn aangesloten in de doorzichtige buis die het kanon voedt. De speler verdient punten met zijn schoten. Ze verdienen extra als ze grote valpartijen uitvoeren en de muren gebruiken om vanuit een hoek te schieten.
Obstakels op het veld zijn onder meer kwallen en sluierwolken die de hoofden bedekken, slaperige Borbs, houten kisten en hoofden die schoten blokkeren. Met Bubble Town kan de speler twee hoofden verwisselen om de kans op een geslaagd schot te vergroten. De speler kan ook vijf power-ups gebruiken om zijn taak te voltooien, waaronder Sureshots voor perfect richten, BubbleBubbles die alle treffers transformeren zodat ze overeenkomen, Hotfoots die als vuurballen werken, Plungers die een kop uit het veld halen en in het kanon laten vallen, en Wilds die altijd perfecte matches maken.
Als de speler geen projectielen meer heeft, schuiven de hoofden een rij door het veld en wordt de projectielbuis opnieuw gevuld. De speler verliest het spel als de hoofden naar de onderkant van het veld glijden.
