Bubble Mouse Blast is een bubbelknalspel. De burgemeester van de stad, een muis, heeft de hulp van de speler nodig om de gemeenschap te verlossen van hongerige katten die op muizen jagen. De speler moet verschillende locaties in de stad bezoeken en verschillende bubble shooter-spellen voltooien om zijn missie te voltooien.
Zoals bij de meeste bubbelknalspellen, laat de speler bubbels knappen door twee of meer gekoppelde bijpassende bubbels te raken met een projectiel van dezelfde kleur. Ze gebruiken een muizenval als schieter en kleine belletjes als richtlijn. Ze schieten bubbels die de burgemeester in de val laadt. Ze kunnen de projectielbellen gebruiken terwijl de burgemeester ze allemaal afgeeft, of de bubbels op elk moment verwisselen. Ze krijgen ook boosters, zoals bommen, die hen kunnen helpen.
De speler ontvangt tijdens het spelen punten, bubbelmuisgeld, muismunten en kaaswig-energie. Het aantal punten dat ze ontvangen is deels afhankelijk van het aantal sterren dat ze aan de rechterkant van het scherm krijgen. De speler kan drie sterren per niveau verdienen op basis van de snelheid waarmee hij bubbels laat knappen en het aantal fouten dat hij tijdens een ronde maakt. Ze verdienen ook munten en prijzen door dagelijks, op een bepaald aantal opeenvolgende dagen of via een minigame te spelen.
Bubble Mouse Blast begint in het Opera House. Met de succesvolle voltooiing van elk deel van de jacht ontgrendelt de speler in de loop van de tijd nieuwe locaties.
