Το Bubble Mouse Blast είναι ένα παιχνίδι που βγάζει φούσκες. Ο Δήμαρχος της πόλης, ένα ποντίκι, χρειάζεται τη βοήθεια του παίκτη για να απαλλάξει την κοινότητα από πεινασμένες γάτες που κυνηγούν ποντίκια. Ο παίκτης πρέπει να επισκεφτεί διάφορες τοποθεσίες στην πόλη και να ολοκληρώσει διαφορετικά παιχνίδια σκοποβολής με φούσκες για να ολοκληρώσει την αποστολή του.
Όπως συμβαίνει με τα περισσότερα παιχνίδια που σκάνε φυσαλίδες, ο παίκτης βγάζει φυσαλίδες χτυπώντας δύο ή περισσότερα συνδεδεμένα που ταιριάζουν με ένα βλήμα του ίδιου χρώματος. Χρησιμοποιούν μια ποντικοπαγίδα ως σκοπευτή και μικροσκοπικές φυσαλίδες ως γραμμή στόχευσης. Πυροβολούν φυσαλίδες που φορτώνει ο Δήμαρχος στην παγίδα. Μπορούν να χρησιμοποιήσουν τις φυσαλίδες των βλημάτων καθώς ο Δήμαρχος παραδίδει την καθεμία ή να ανταλλάσσουν τις φυσαλίδες ανά πάσα στιγμή. Λαμβάνουν επίσης ενισχυτικά, όπως βόμβες, που μπορούν να τους βοηθήσουν.
Ο παίκτης λαμβάνει πόντους, μετρητά με bubble mouse, κέρματα ποντικιού και ενέργεια σφήνας τυριού κατά τη διάρκεια του παιχνιδιού. Ο αριθμός των πόντων που λαμβάνουν εξαρτάται εν μέρει από τον αριθμό των αστεριών που λαμβάνουν στη δεξιά πλευρά της οθόνης. Ο παίκτης μπορεί να κερδίσει τρία αστέρια ανά επίπεδο με βάση την ταχύτητα με την οποία σκάει φυσαλίδες και τον αριθμό τυχόν λαθών που κάνει κατά τη διάρκεια ενός γύρου. Κερδίζουν επίσης νομίσματα και βραβεία παίζοντας καθημερινά, σε συγκεκριμένο αριθμό συνεχόμενων ημερών ή μέσω ενός μίνι παιχνιδιού.
Το Bubble Mouse Blast ξεκινά στο The Opera House. Με την επιτυχή ολοκλήρωση κάθε μέρους του κυνηγιού, ο παίκτης ξεκλειδώνει νέες τοποθεσίες με την πάροδο του χρόνου.