Bubble Mouse Blast es un juego de hacer estallar burbujas. El alcalde de la ciudad, un ratón, necesita la ayuda del jugador para librar a la comunidad de gatos hambrientos que cazan ratones. El jugador debe visitar varios lugares de la ciudad y completar diferentes juegos de disparar burbujas para completar su misión.
Como ocurre con la mayoría de los juegos de hacer estallar burbujas, el jugador hace estallar burbujas golpeando dos o más iguales enlazadas con un proyectil del mismo color. Usan una trampa para ratones como disparador y pequeñas burbujas como línea de puntería. Disparan burbujas que el alcalde carga en la trampa. Pueden usar las burbujas de proyectil mientras el alcalde les entrega cada una o intercambiar las burbujas en cualquier momento. También reciben refuerzos, como bombas, que pueden ayudarles.
El jugador recibe puntos, dinero en efectivo del ratón burbuja, monedas del ratón y energía de cuña de queso durante el juego. La cantidad de puntos que reciben depende parcialmente de la cantidad de estrellas que reciben en el lado derecho de la pantalla. El jugador puede ganar tres estrellas por nivel según la velocidad a la que hace estallar las burbujas y la cantidad de errores que comete durante una ronda. También ganan monedas y premios jugando diariamente, en un número específico de días consecutivos o mediante un minijuego.
Bubble Mouse Blast comienza en la Ópera. Al completar con éxito cada parte de la caza, el jugador desbloquea nuevas ubicaciones con el tiempo.