Bubble Mouse Blast è un gioco scoppiabolle. Il sindaco della città, un topo, ha bisogno dell'aiuto del giocatore per liberare la comunità dai gatti affamati che cacciano i topi. Il giocatore deve visitare varie località della città e completare diversi giochi sparabolle per completare la propria missione.
Come con la maggior parte dei giochi scoppiabolle, il giocatore fa scoppiare le bolle colpendone due o più corrispondenti collegate con un proiettile dello stesso colore. Usano una trappola per topi come sparatutto e minuscole bolle come linea di mira. Sparano bolle che il sindaco carica nella trappola. Possono usare le bolle-proiettile mentre il sindaco le consegna ciascuna o scambiare le bolle in qualsiasi momento. Ricevono anche potenziamenti, come bombe, che possono aiutarli.
Il giocatore riceve punti, contanti con bolle di topo, monete di topo ed energia a forma di spicchio di formaggio durante il gioco. Il numero di punti che ricevono dipende in parte dal numero di stelle che ricevono sul lato destro dello schermo. Il giocatore può guadagnare tre stelle per livello in base alla velocità con cui fa scoppiare le bolle e al numero di errori commessi durante un round. Guadagnano anche monete e premi giocando ogni giorno, in un numero specifico di giorni consecutivi o tramite un minigioco.
Bubble Mouse Blast inizia al Teatro dell'Opera. Con il completamento con successo di ogni parte della caccia, il giocatore sblocca nuove posizioni nel tempo.
