Bubble Mouse Blast est un jeu de bulles. Le maire de la ville, une souris, a besoin de l'aide du joueur pour débarrasser la communauté des chats affamés qui chassent les souris. Le joueur doit visiter divers endroits de la ville et terminer différents jeux de tir à bulles pour terminer sa mission.
Comme dans la plupart des jeux de bulles, le joueur fait éclater des bulles en frappant deux ou plusieurs bulles correspondantes avec un projectile de la même couleur. Ils utilisent une souricière comme lanceur et de minuscules bulles comme ligne de visée. Ils tirent des bulles que le maire charge dans le piège. Ils peuvent utiliser les bulles de projectiles pendant que le maire les remet chacune ou échanger les bulles à tout moment. Ils reçoivent également des boosters, comme des bombes, qui peuvent les aider.
Le joueur reçoit des points, de l'argent de la souris à bulles, des pièces de monnaie et de l'énergie des coins de fromage pendant le jeu. Le nombre de points qu'ils reçoivent dépend en partie du nombre d'étoiles qu'ils reçoivent sur le côté droit de l'écran. Le joueur peut gagner trois étoiles par niveau en fonction de la vitesse à laquelle il fait éclater des bulles et du nombre d'erreurs qu'il commet au cours d'un tour. Ils gagnent également des pièces et des prix en jouant quotidiennement, pendant un nombre spécifique de jours consécutifs ou via un mini-jeu.
Bubble Mouse Blast commence à l'Opéra. Avec la réussite de chaque partie de la chasse, le joueur débloque de nouveaux emplacements au fil du temps.