Bubble Mouse Blast to gra polegająca na przebijaniu baniek mydlanych. Burmistrz miasta, mysz, potrzebuje pomocy gracza, aby pozbyć się społeczności głodnych kotów polujących na myszy. Gracz musi odwiedzić różne lokalizacje w mieście i ukończyć różne gry w strzelanie do bąbelków, aby ukończyć swoją misję.
Podobnie jak w większości gier polegających na przebijaniu bąbelków, gracz przebija bąbelki, uderzając w dwie lub więcej połączonych, pasujących do siebie pociskiem tego samego koloru. Używają pułapki na myszy jako strzelca i małych bąbelków jako linii celowniczej. Wystrzeliwują bąbelki, które Burmistrz ładuje do pułapki. Mogą używać bąbelków pocisków, gdy Burmistrz rozdaje je lub zamieniać bąbelki w dowolnym momencie. Otrzymują także dopalacze, takie jak bomby, które mogą im pomóc.
Podczas gry gracz otrzymuje punkty, gotówkę z myszką bąbelkową, monety myszy i energię klina serowego. Liczba otrzymanych punktów jest częściowo uzależniona od liczby gwiazdek, które otrzymają po prawej stronie ekranu. Gracz może zdobyć trzy gwiazdki na poziom w zależności od szybkości, z jaką pękają bąbelki i liczby błędów popełnionych podczas rundy. Zarabiają także monety i nagrody, grając codziennie, przez określoną liczbę kolejnych dni lub poprzez mini-grę.
Bubble Mouse Blast rozpoczyna się w Operze. Po pomyślnym ukończeniu każdej części polowania gracz z czasem odblokowuje nowe lokacje.