Bubble Town Quest to kolejna strzelanka bąbelkowa, która skupia się na inwazji obcych Lumpsów na zatokę Borb w serii Bubble Town. Borby potrzebują pomocy gracza, aby zmusić Bryły do powrotu na statek kosmiczny. Jedynym sposobem, w jaki mogą ich przegonić, jest wykonywanie zadań polegających na strzelaniu do baniek.
Gracz zaczyna od wyboru trybu Podróży lub Nieskończonego. W trybie Podróży grają w losowo wybrane gry proste i w piłkę na różnych poziomach mapy. W grze Straight-Up wykonują podstawowe strzelanie do bąbelków. Strzelają głowami Borbów w rzędy Borbów i Lumpów. Usuwają głowy z pól gry, tworząc zestawy co najmniej trzech pasujących głów. Podczas gry w piłkę usuwają głowy w seriach po co najmniej trzy, ale nie są one ustawione w rzędach. Głowice sklejają się ze sobą w środku pola i obracają się wokół centralnego punktu. W trybie Endless gracz wybiera dowolny rodzaj rozgrywki. Ich celem jest gra o jak największą liczbę punktów.
Bubble Town Quest zawiera wiele przeszkód znanych z Bubble Town. Na przykład gracz musi pokonać Grudki, chmury całunu, blokery strzałów i śpiące Borby. Używają również wzmacniaczy mocy. Na przykład mogą użyć wzmacniacza Sureshot, aby laserowa linia celownicza stała się celem celownika, lub Hotfoot, aby wypalić ścieżkę w głowach.
