Bubble Town Quest är ett annat bubble shooter som fokuserar på Lumps utomjordiska invasion av Borb Bay i Bubble Town-serien. Borbs behöver spelarens hjälp för att tvinga Klumparna att återvända till rymdskeppet. Det enda sättet de kan jaga bort dem är genom att slutföra bubbelskjutningsuppgifter.
Spelaren börjar med att välja läget Journey eller Endless. Under Journey-läget spelar de slumpmässigt utvalda Straight-Up och Ball-spel över nivåer på en karta. Med Straight-Up-spel utför de grundläggande bubbelskytte. De skjuter Borbs huvuden mot rader av Borbs och Klumpar. De tar bort huvuden från spelfälten genom att skapa uppsättningar med minst tre matchande huvuden. Med bollspel tar de bort huvuden i set om minst tre, men huvudena är inte i rader. Huvudena håller ihop i mitten av fältet och roterar runt den centrala punkten. I Endless-läget väljer spelaren någon av speltyperna. Deras mål är att spela för det högsta antalet poäng.
Bubble Town Quest innehåller många av hindren som setts i Bubble Town. Till exempel måste spelaren besegra Lumps, shroud moln, shot-blockers och sovande Borbs. De använder också power-up boosters. Till exempel kan de använda en Sureshot-booster för att ge laserriktlinjen ett hårkorsmål eller en Hotfoot för att bränna en väg genom huvudena.
