Bubble Bubble är ett spel där du kan poppa bubblor. I en magisk värld utforskar spelaren 100 platser fyllda med olika storlekar och typer av bubblor. I vissa regioner är allt rosa och bubblor täcker marken. På natten, på en annan plats, driver bubblor på stjälkar mot himlen. Under hela utforskningen hjälper spelaren en liten flicka att ta bort bubblor som hänger i olika mönster på spelplanen. De använder en kanonskytt som ser ut som ett barns teckningsmarkör.
Spelaren måste vinna en nivå för att låsa upp nästa. Även om huvudspelfältet förblir detsamma under hela spelet ändras bakgrunderna och till och med tiderna på dagen.
På varje nivå får spelaren en huvudprojektil och en sekundär. De kan byta ut dessa projektiler för att skjuta och spränga kluster av bubblor snabbare. De får också en ljusfärgad, pixelerad, prickad siktlinje för att göra sina skott mer exakta.
Spelet tillåter endast spelaren att poppa bubblor i kluster som innehåller två eller flera bubblor målade med samma färg som projektilen. När bubblorna poppar exploderar de och spelet tilldelar poäng. Alla icke-matchande bubblor som är kopplade till ett kluster faller till marken, studsar en gång och poppar.
Bubble Bubble har boosters kopplade till kluster som spelaren samlar in och använder när som helst i en nivå. Boosters är inte kumulativa från nivå till nivå. Vanliga sådana inkluderar en dubbelpilsenergibooster som poppar en horisontell rad, en fyrfärgad booster som kan poppa alla kluster baserat på färg och en blixtbultbooster som kan poppa bubblor på valfri plats.