Το Bubble Bubble είναι ένα παιχνίδι που ανοίγει φούσκες. Σε έναν μαγικό κόσμο, ο παίκτης εξερευνά 100 τοποθεσίες γεμάτες με διαφορετικά μεγέθη και τύπους φυσαλίδων. Σε ορισμένες περιοχές, τα πάντα είναι ροζ και οι φυσαλίδες καλύπτουν το έδαφος. Τη νύχτα, σε ένα άλλο μέρος, φυσαλίδες πάνω σε μίσχους παρασύρονται προς τον ουρανό. Κατά τη διάρκεια αυτής της εξερεύνησης, ο παίκτης βοηθά ένα μικρό κορίτσι να αφαιρέσει τις φυσαλίδες που κρέμονται σε διαφορετικά μοτίβα στα πεδία παιχνιδιού. Χρησιμοποιούν ένα πυροβόλο κανόνι που μοιάζει με μαρκαδόρο ζωγραφικής ενός παιδιού.
Ο παίκτης πρέπει να κερδίσει ένα επίπεδο για να ξεκλειδώσει το επόμενο. Αν και το κύριο πεδίο παιχνιδιού παραμένει το ίδιο σε όλη τη διάρκεια του παιχνιδιού, τα σκηνικά, ακόμη και οι ώρες της ημέρας, αλλάζουν.
Σε κάθε επίπεδο, ο παίκτης λαμβάνει ένα κύριο βλήμα και ένα δευτερεύον. Μπορεί να ανταλλάξει αυτά τα βλήματα για να πυροβολήσει και να σκάσει γρηγορότερα τις συστάδες φυσαλίδων. Λαμβάνουν επίσης μια ανοιχτόχρωμη, pixelated, διακεκομμένη γραμμή σκόπευσης για να κάνουν τις βολές τους πιο ακριβείς.
Το παιχνίδι επιτρέπει στον παίκτη να σκάσει φυσαλίδες μόνο σε συστάδες που περιέχουν δύο ή περισσότερες φυσαλίδες βαμμένες με το ίδιο χρώμα με το βλήμα. Όταν οι φυσαλίδες σκάσουν, εκρήγνυνται και το παιχνίδι αποδίδει πόντους. Όσες δεν ταιριάζουν μεταξύ τους και είναι συνδεδεμένες σε ένα σύμπλεγμα πέφτουν στο έδαφος, αναπηδούν μία φορά και σκάνε.
Το Bubble Bubble διαθέτει ενισχυτές που συνδέονται σε συστάδες, τους οποίους ο παίκτης συλλέγει και χρησιμοποιεί ανά πάσα στιγμή σε ένα επίπεδο. Τα ενισχυτικά δεν είναι αθροιστικά από επίπεδο σε επίπεδο. Τα συνηθισμένα περιλαμβάνουν ένα booster ενέργειας με διπλό βέλος που σκάει μια οριζόντια σειρά, ένα booster τεσσάρων χρωμάτων που μπορεί να σκάσει οποιοδήποτε σύμπλεγμα με βάση το χρώμα και ένα booster αστραπής που μπορεί να σκάσει φυσαλίδες σε οποιοδήποτε σημείο.