Bubble Bubble is een bubbelspel. In een magische wereld verkent de speler 100 locaties vol met verschillende maten en soorten bubbels. In sommige gebieden is alles roze en bedekken bubbels de grond. s Nachts, op een andere plek, drijven bubbels op steeltjes naar de hemel. Tijdens deze verkenningstocht helpt de speler een klein meisje bellen te verwijderen die in verschillende patronen op speelvelden hangen. Ze gebruiken een kanonschieter die eruitziet als een tekenstift van een kind.
De speler moet een level winnen om het volgende vrij te spelen. Hoewel het hoofdspeelveld gedurende het spel hetzelfde blijft, veranderen de achtergronden en zelfs de tijden van de dag.
In elk level krijgt de speler een hoofdprojectiel en een secundair projectiel. Ze kunnen deze projectielen verwisselen om sneller clusters bellen te schieten en te laten knappen. Ze krijgen ook een lichtgekleurde, gepixelde, gestippelde miklijn om hun schoten nauwkeuriger te maken.
In het spel kan de speler alleen bellen laten knappen in clusters die twee of meer bellen bevatten met dezelfde kleur als het projectiel. Als de bellen knappen, ontploffen ze en worden er punten toegekend. Niet-passende bubbels in een cluster vallen op de grond, stuiteren één keer en knallen.
Bubble Bubble bevat boosters die aan clusters zijn bevestigd en die de speler op elk moment in een level kan verzamelen en gebruiken. De boosters zijn niet cumulatief van level tot level. Gebruikelijke boosters zijn onder andere een energiebooster met dubbele pijl die een horizontale rij laat knappen, een vierkleurenbooster die elk cluster op basis van kleur kan laten knappen en een bliksemschichtbooster die bubbels op elke plek kan laten knappen.
