Bubble Bubble to gra polegająca na puszczaniu baniek. W magicznym świecie gracz odkrywa 100 lokacji wypełnionych różnymi rozmiarami i rodzajami bąbelków. W niektórych regionach wszystko jest różowe, a bąbelki pokrywają ziemię. W nocy, w innym miejscu, bąbelki na łodygach dryfują w kierunku nieba. Podczas tej eksploracji gracz pomaga małej dziewczynce usuwać bąbelki wiszące w różnych wzorach na polach gry. Używają do tego armaty, która wygląda jak dziecięcy marker do rysowania.
Gracz musi wygrać poziom, aby odblokować następny. Chociaż główne pole gry pozostaje takie samo przez całą grę, zmieniają się tła, a nawet pory dnia.
Na każdym poziomie gracz otrzymuje pocisk główny i dodatkowy. Gracz może wymieniać te pociski, aby szybciej strzelać i zbijać skupiska bąbelków. Otrzymuje również jasną, pikselową, kropkowaną linię celowania, aby jego strzały były bardziej precyzyjne.
Gra pozwala graczowi na zbijanie bąbelków tylko w klastrach, które zawierają dwa lub więcej bąbelków pomalowanych na ten sam kolor, co pocisk. Kiedy bańki pękają, eksplodują, a gra przydziela punkty. Wszystkie niepasujące bańki dołączone do klastra spadają na ziemię, odbijają się raz i pękają.
Bubble Bubble zawiera dopalacze dołączone do klastrów, które gracz zbiera i używa w dowolnym momencie poziomu. Dopalacze nie kumulują się z poziomu na poziom. Typowe z nich obejmują wzmacniacz energii z podwójną strzałką, który wyskakuje z poziomego rzędu, czterokolorowy wzmacniacz, który może wyskakiwać z dowolnego klastra na podstawie koloru, oraz wzmacniacz błyskawicy, który może wyskakiwać z bąbelków w dowolnym miejscu.