Bubble Mouse Blast är ett bubblande spel. Borgmästaren i staden, en mus, behöver spelarens hjälp för att befria samhället från hungriga katter som jagar möss. Spelaren måste besöka olika platser runt om i staden och slutföra olika bubble shooter-spel för att slutföra sitt uppdrag.
Som med de flesta bubbelpopping-spel, poppar spelaren bubblor genom att slå två eller flera sammanlänkade matchande med en projektil av samma färg. De använder en råttfälla som skytt och små bubblor som mållinje. De skjuter bubblor som borgmästaren laddar i fällan. De kan använda projektilbubblorna när borgmästaren lämnar var och en av dem eller byta bubblorna när som helst. De får också boosters, som bomber, som kan hjälpa dem.
Spelaren får poäng, bubbelmuspengar, musmynt och ostkilenergi under spel. Antalet poäng de får beror delvis på antalet stjärnor de får på höger sida av skärmen. Spelaren kan tjäna tre stjärnor per nivå baserat på den hastighet med vilken bubblorna poppar upp och antalet misstag som de gör under en runda. De tjänar också mynt och priser genom att spela dagligen, ett visst antal dagar i följd eller via ett minispel.
Bubble Mouse Blast börjar på Operahuset. Med ett framgångsrikt slutförande av varje del av jakten låser spelaren upp nya platser över tid.
