Bubble Shooter online is een bubbelspel. Het doel van de speler is om elke bubbel te verwijderen uit rijen van gekleurde bubbels op een lichtblauw speelveld met een klassieke pijlschieter. Ze proberen ook een hoge score te halen, die ze bovenaan het scherm kunnen bekijken. Als ze verliezen door bubbels op het veld naar beneden te laten glijden naar een horizontale streep, is het hun doel om de vorige score, die linksboven wordt weergegeven, te overtreffen.
De schutter van de speler is een bubbelprojectiel aan de basis van een aanwijspijl zonder enige vorm van richt- of doellijnsysteem. In de linkerbenedenhoek bevindt zich een secundair projectiel. De speler kan de projectielen niet verwisselen. Het tweede projectiel is slechts een voorproefje dat ze kunnen gebruiken om een strategie te vormen tijdens het schieten.
Met Bubble Shooter Online kan de speler de moeilijkheidsgraad op elk moment wijzigen via het hamburgerpictogram met drie regels in de rechterbovenhoek. Ze kunnen kiezen uit Novice, Expert of Master. Het helpt de speler ook door hem zilveren bubbelpassen te geven waarmee hij vijf keer geen bubbels kan laten knappen en soms een wildcard regenboog bubbelprojectiel. Als de speler zijn pasjes opgebruikt, wordt er een nieuwe rij bellen geladen.