Bubble Shooter Challenge to gra polegająca na puszczaniu baniek. Gracz przebija skupiska błyszczących, przypominających cukierki bąbelków zawieszonych w rzędach na ciemnoniebieskim tle za pomocą pocisków wystrzeliwanych z dołu pola. Celem jest oczyszczenie pola i uzyskanie wysokiego wyniku.
Gracz otrzymuje dostęp do głównego pocisku bąbelkowego i pocisku pomocniczego. Gra nie daje jednak możliwości zamiany tych pocisków na lepsze. Zamiast tego, gracz musi zawsze używać aktualnego pocisku do oddania strzału, nawet jeśli strzał nie rozbija żadnych bąbelków. Gra daje również graczowi dopasowaną kolorystycznie kropkowaną linię celowania dla bardziej precyzyjnych trafień. Nie zapewnia tradycyjnej strzelanki, takiej jak strzała i łuk lub armata.
Bańki również nie pękają na polu. Gra upuszcza klaster połączonych pasujących baniek i wszelkich niepasujących baniek przymocowanych pod spodem do miejsc oznaczonych liczbami (np. 50, 100, 250, 100 i 50). Bańka odbija się przed uderzeniem w pole, stając się przezroczystą bańką z białym konturem, a następnie znika, gdy gra przydziela punkty.
Bubble Shooter Challenge oferuje system mnożnika, który zwiększa się z każdym kolejnym trafieniem wynikającym z pocisku strącającego bańki z pola. Gracz może śledzić mnożnik w lewym dolnym rogu. W prawym dolnym rogu można sprawdzić aktualny wynik.