Microsoft Sudoku è un gioco puzzle logico con posizionamento di numeri che porta il Sudoku classico a un livello superiore. L'obiettivo del giocatore è riempire griglie 9x9 con i numeri da 1 a 9 nell'ordine corretto su linee orizzontali di nove spazi (righe), linee verticali (colonne) e blocchi sotto-griglia 3x3 (case) senza alcuna ripetizione dei numeri.
Microsoft fornisce al giocatore le modalità Puzzle classici e Puzzle irregolari e livelli di difficoltà Facile, Medio, Difficile ed Esperto. Con la modalità Puzzle irregolari, la differenza principale è che il giocatore deve impedire la ripetizione all'interno di aree di nove spazi di forma irregolare invece che in sottogriglie 3x3.
Come con altri giochi Sudoku, questo precompila alcuni spazi con numeri non rimovibili. Il giocatore tenta quindi di inserire i numeri mancanti. Il giocatore seleziona uno spazio vuoto e quindi un numero sulla tastiera sullo schermo o sulla tastiera. Possono utilizzare un pulsante delle note per alternare tra l'uso dei numeri e le annotazioni dei possibili posizionamenti dei numeri.
Microsoft Sudoku presenta molte altre funzionalità utili, incluso uno strumento che blocca i duplicati e uno strumento che mostra le risposte errate con evidenziazione rossa. Il giocatore può anche cambiare rapidamente i livelli di difficoltà e iniziare nuovi giochi utilizzando un segno più (+) nella parte superiore dello schermo accanto ai dettagli della modalità. Infine, il gioco offre un pulsante di cancellazione, un pulsante di suggerimento e un pulsante di annullamento.
Quando il giocatore completa correttamente un set, attorno ai numeri lampeggiano degli anelli blu. Dopo il completamento di una griglia 9x9, compaiono esplosioni e coriandoli che cadono. Il gioco quindi visualizza le statistiche.
