Microsoft Sudoku är ett logikpusselspel med nummerplacering som tar klassisk Sudoku till nästa nivå. Spelarens mål är att fylla 9x9 rutnät med siffrorna 1 till 9 i korrekt ordning över horisontella linjer med nio mellanslag (rader), vertikala linjer (kolumner) och 3x3 underrutnätsblock (hus) utan någon upprepning av siffrorna.
Microsoft förser spelaren med lägena Klassiska pussel och Oregelbundna pussel och svårighetsnivåerna Lätt, Medium, Hårt och Expert. Med läget Irregular Puzzles är den primära skillnaden att spelaren måste förhindra upprepning inom oregelbundet formade nioutrymmesområden istället för i 3x3 underrutnät.
Precis som med andra Sudoku-spel, fyller det här vissa utrymmen med icke-borttagbara nummer. Spelaren försöker sedan infoga de saknade siffrorna. Spelaren väljer ett tomt utrymme och sedan en siffra på skärm- eller tangentbordet. De kan använda en anteckningsknapp för att växla mellan användning av siffror och noteringar av möjliga nummerplaceringar.
Microsoft Sudoku har flera andra användbara funktioner, inklusive ett verktyg som blockerar dubbletter och ett verktyg som visar felaktiga svar med röd markering. Spelaren kan också snabbt byta svårighetsnivå och starta nya spel genom att använda ett plustecken (+) längst upp på skärmen bredvid lägesdetaljerna. Slutligen erbjuder spelet en raderingsknapp, en tipsknapp och en ångraknapp.
När spelaren slutför en uppsättning korrekt blinkar blå ringar runt siffrorna. Efter slutförandet av ett 9x9-rutnät dyker det upp skurar och fallande konfetti. Spelet visar sedan statistik.