Microsoft Sudoku ist ein Logik-Rätselspiel mit Zahlenplatzierung, das das klassische Sudoku auf die nächste Stufe hebt. Das Ziel des Spielers besteht darin, 9x9-Raster mit den Zahlen 1 bis 9 in der richtigen Reihenfolge über horizontale Linien (Zeilen), vertikale Linien (Spalten) und 3x3-Untergitterblöcke (Häuser) mit neun Feldern zu füllen, ohne dass sich die Zahlen wiederholen.
Microsoft stellt dem Spieler die Modi „Klassische Rätsel“ und „Unregelmäßige Rätsel“ sowie die Schwierigkeitsstufen „Einfach“, „Mittel“, „Schwer“ und „Experte“ zur Verfügung. Beim Modus „Unregelmäßige Rätsel“ besteht der Hauptunterschied darin, dass der Spieler Wiederholungen in unregelmäßig geformten Bereichen mit neun Feldern und nicht in 3x3-Untergittern verhindern muss.
Wie bei anderen Sudoku-Spielen werden auch hier einige Felder mit nicht entfernbaren Zahlen vorbelegt. Der Spieler versucht dann, die fehlenden Zahlen einzufügen. Der Spieler wählt ein leeres Feld und dann eine Zahl auf dem Bildschirm oder der Tastaturtastatur aus. Sie können über eine Schaltfläche „Notizen“ zwischen der Verwendung von Zahlen und der Notation möglicher Zahlenplatzierungen umschalten.
Microsoft Sudoku bietet mehrere weitere hilfreiche Funktionen, darunter ein Tool, das Duplikate blockiert, und ein Tool, das falsche Antworten durch rote Hervorhebung anzeigt. Der Spieler kann auch schnell den Schwierigkeitsgrad wechseln und neue Spiele starten, indem er oben auf dem Bildschirm neben den Modusdetails ein Pluszeichen (+) verwendet. Schließlich bietet das Spiel eine Schaltfläche zum Löschen, eine Schaltfläche für Hinweise und eine Schaltfläche zum Rückgängigmachen.
Wenn der Spieler einen Satz richtig abschließt, blinken blaue Ringe um die Zahlen. Nach Fertigstellung eines 9x9-Rasters erscheinen Explosionen und fallendes Konfetti. Das Spiel zeigt dann Statistiken an.