Bubble Marble is een bubbelspel met gekleurde ballen die eruit zien als een kruising tussen glanzende knikkers en waterparels. Tegen de achtergrond van een buitenaardse wereld hangen bubbels in patronen aan een horizontale balk bovenaan het speelveld. De speler moet drie of meer bellen laten knappen om punten te verdienen in 80 levels.
De speler gebruikt een hoofdprojectiel in een kanonschietspel dat eruitziet als een oude waterkan van klei. Hij kan op elk moment een tweede projectiel afschieten door met de dubbele pijlen linksonder in het scherm van projectiel te wisselen. Na een succesvol schot verdwijnt een groep bij elkaar horende bubbels zonder te knallen. Als er bij deze actie een paar niet-overeenkomende bellen loskomen van de rest van de hangende bellen, laat het spel de oranje, gele en rode bellen met geweld ontploffen.
Bubble Marble maakt het spel op verschillende manieren extreem moeilijk. Er wordt een doellijn weergegeven die bestaat uit drie kleine groene bubbels. In de meeste populaire bubble shooters die dit hulpmiddel bieden, komt de lijn overeen met de kleur van het projectiel en strekt deze zich meestal uit tot halverwege het veld. In dit spel blijven de bubbels altijd groen en in een korte lijn. Hierdoor kan het spel sommige spelers ertoe aanzetten om op groene bubbels te schieten met projectielen die niet bij de kleur passen.
Daarnaast gooit dit spel de schietstrategie van een speler overhoop door halverwege het spel van patroon te veranderen. Hangende bubbels worden in verschillende richtingen gerold, waardoor nieuwe configuraties ontstaan. Sommige projectielen glijden ook tegen niet-matchende bubbels aan zonder te blijven hangen en stoppen dan voor, achter of boven andere bubbels. Sommige bubbels stoppen zelfs op de bovenste rail boven een hangend patroon.
