Bubble Marble to gra polegająca na zbijaniu kolorowych kulek, które wyglądają jak skrzyżowanie błyszczących marmurów i kulek wodnych. Na tle obcego świata bąbelki zwisają we wzorach z poziomego paska u góry pola gry. Gracz musi zbić trzy lub więcej bąbelków, aby zdobyć punkty na 80 poziomach.
Gracz używa głównego pocisku w strzelance armatniej zaprojektowanej tak, aby wyglądała jak starożytny gliniany dzban na wodę. W dowolnym momencie może wystrzelić drugi wyświetlany pocisk, używając podwójnych strzałek w lewym dolnym rogu ekranu, aby przełączyć pociski. Po udanym strzale grupa pasujących bąbelków znika bez pękania. Jeśli ta akcja pozostawi kilka niepasujących bąbelków niepołączonych z resztą wiszących, gra gwałtownie eksploduje bąbelki w kolorach pomarańczowym, żółtym i czerwonym.
Bubble Marble utrudnia rozgrywkę na kilka sposobów. Wyświetla linię celowania złożoną z trzech małych zielonych bąbelków. W większości popularnych strzelanek bąbelkowych, które oferują to narzędzie, linia odpowiada kolorowi pocisku i zazwyczaj rozciąga się do połowy pola. W tej grze bąbelki zawsze pozostają zielone i w krótkiej linii. W rezultacie gra może skłonić niektórych graczy do strzelania do zielonych bąbelków pociskami niedopasowanymi kolorystycznie.
Dodatkowo, gra zmienia strategię strzelania gracza poprzez zmianę wzorów w trakcie rozgrywki. Wiszące bańki toczą się w różnych kierunkach, tworząc nowe konfiguracje. Niektóre pociski ślizgają się również po niepasujących bańkach bez przyklejania się, a następnie zatrzymują się przed, za lub nad innymi bańkami. Niektóre bańki zatrzymują się nawet na górnej szynie nad wiszącym wzorem.
