Space Bubbles is een bubbelshooter met een ruimtethema. Tegen een hemel vol planeten in 70 levels probeert de speler alle bubbels die in patronen hangen te verwijderen om punten te verdienen en nieuwe levels vrij te spelen.
De speler verwijdert bubbels van elk speelveld door projectielen uit het kanon van een raket te schieten. Om te proberen met elk schot bubbels te verwijderen, verwisselen ze het hoofdprojectiel met een secundair projectiel op een nabijgelegen platform. Als het ze lukt om een cluster van twee of meer met elkaar verbonden bellen te raken die overeenkomen met een projectiel, krimpt elke bel in de cluster en verdwijnt deze. Niet-gelijkende bubbels die met het cluster zijn verbonden, exploderen in vurige oranje, rode en gele kleuren.
Space Bubbles maakt het spel moeilijk door de posities van de bubbels die aan een horizontaal platform bovenaan het veld hangen te verschuiven. Het platform verschuift de bubbels ook langzaam over het scherm. Als een bubbel met een verbonden patroon de bodem bereikt, verliest de speler. Het spel biedt ook alleen een korte miklijn van dicht bij elkaar staande witte stippen, wat betekent dat de speler geen uitgebreide lijn heeft om nauwkeuriger en preciezer te schieten. Dat gezegd hebbende, de speler kan ongewenste projectielen helemaal wegschieten van het veld en de ruimte in door op het platform te schieten in plaats van op de bubbels die eraan hangen.
