Bubble Shooter Pro 3, das dritte Spiel der gleichnamigen Serie, bietet viel mehr Blasenschießelemente als das Vorgängerspiel, darunter Erfolge, Änderungen an der Benutzeroberfläche und kompetitives Spielen auf der Rangliste. Wie bei fast allen Bubble-Shootern besteht das Hauptziel des Spielers darin, die meisten Punkte zu sammeln. Wie beim Pro 2 versuchen sie zu verhindern, dass schnell gleitende Blasen den unteren Bildschirmrand erreichen. Ein wesentlicher Unterschied zu Pro 3 besteht darin, dass sie versuchen müssen, andere Spieler auf der Bestenliste zu überholen, um zu sehen, ob sie die erste Position erreichen können.
Das Spiel belohnt den Spieler für Erfolge, z. B. das Erreichen einer bestimmten Punktzahl oder eines Streak-Werts. Sie erhalten sogar eine Anerkennung dafür, dass sie eine bestimmte Anzahl von Feuerbällen erzeugen und an aufeinanderfolgenden Tagen hintereinander spielen. Das Spiel erfordert, dass der Spieler eine Projektilblase auf die gleitenden Blasen schießt, um Kombinationen zu bilden, die dazu führen, dass drei oder mehr gleichfarbige Blasen aus den Reihen fallen und in Abschnitte eines Punktbelohnungsbereichs springen. Wenn der Spieler nacheinander Blasen fallen lässt, erhält er Multiplikatoren, die durch eine Erhöhung der Belohnungen von mindestens 50 Punkten bei Spielen ohne Multiplikator auf bis zu 1.000 Punkten bei ununterbrochenen Streaks dargestellt werden.
Bubble Shooter Pro 3 belohnt den Spieler außerdem mit Bomben und Feuerbällen. Sie müssen sich Werbung ansehen, um die Bomben einsetzen zu können. Sie verfolgen ihren Fortschritt auf einem zweifarbig blauen horizontalen Balken mit gedrehten Streifen oben in der Mitte des Bildschirms, der an einem Ende ein Smiley und am anderen Ende ein Geschenk zeigt. Das Spiel zeigt Kreise mit Bildern anderer Spieler an, die der Spieler überholen muss, um zusätzliche Punkte zu erhalten.