Bubble Tower 3D ist ein Spiel zum Platzen von Blasen, bei dem der Spieler einen zylindrischen Tempelturm oder eine Säule aus Stein vorfindet, der/die teilweise mit bunten, mit Symbolen markierten, matschigen Kugeln bedeckt ist. Das Ziel des Spielers besteht darin, eine hohe Punktzahl zu erzielen, indem er die Bälle aus der Säule entfernt.
Der Spieler erhält eine farbige Projektilkugel am Fuß des offenen Abschnitts der Säule, in der sich das Spielfeld befindet. Wenn sie mit dem Bildschirm interagieren, rollt das Spiel den Ball an der Seite der Säule nach oben. Der Ball kann an einem einzigen passenden Ball oder an einem oder mehreren nicht passenden Bällen hängen bleiben. Wenn es in zwei oder mehr passende Kugeln rollt, platzen alle gleichfarbigen Kugeln und verschwinden.
Das Spiel ermöglicht es dem Spieler, den Turm nach links und rechts zu drehen, sodass der Spieler bei jedem Schuss eine höhere Chance hat, Bälle zu treffen und zu entfernen. Wenn sie diese Aufgabe schnell genug erledigen, während auf dem Bildschirm eine Multiplikatorzahl pulsiert, erhalten sie immer höhere Multiplikatoren und höhere Punkte. Diese Bonusfunktion wird jedes Mal zurückgesetzt, wenn die Multiplikatorzahl verschwindet.
Bubble Tower 3D wirft jedes Mal einen neuen Ballring auf die Säule, wenn der Spieler fünfmal kein Match schafft. Es hilft dem Spieler, Bälle zu entfernen und Spielmöglichkeiten zu eröffnen, indem auf der linken Seite des Bildschirms über fünf Warnbällen eine Vorschau des nächsten Projektils angezeigt wird. Außerdem erhält der Spieler alle zwei Minuten einen Feuerball. Mit diesem Werkzeug können sie mehrere Kugeln unterschiedlicher Farbe auf einer ganzen Seite der Säule wegbrennen.