Bubble Tower 3D je igra s pucanjem mjehurića koja igraču predstavlja cilindrični kameni hramski toranj ili stup djelomično prekriven mljackastim kuglicama u boji označenim simbolima. Cilj igrača je postići visok rezultat uklanjanjem loptica iz stupca.
Igrač prima obojenu projektilnu loptu u podnožju otvorenog dijela stupa koji sadrži igralište. Kada stupe u interakciju sa zaslonom, igra kotrlja loptu uz rub stupa. Lopta se može zalijepiti za jednu podudarnu loptu ili jednu ili više nepodudarnih lopti. Ako se otkotrlja u dvije ili više jednakih kuglica, sve kuglice iste boje iskaču i nestaju.
Igra omogućuje igraču da rotira toranj lijevo i desno tako da igrač ima veću šansu za spajanje i uklanjanje loptica sa svakim udarcem. Ako izvrše ovaj zadatak dovoljno brzo dok broj množitelja pulsira na ekranu, dobivaju sve veće množitelje i veće bodove. Ova bonus značajka resetira se svaki put kada broj množitelja nestane.
Bubble Tower 3D baca novi krug loptica na stup svaki put kada igrač ne uspije spojiti pet puta. Pomaže igraču ukloniti loptice i otvoriti mogućnosti meča prikazivanjem pregleda sljedećeg projektila na lijevoj strani ekrana iznad pet loptica upozorenja. Također daje igraču vatrenu kuglu svake dvije minute. Oni mogu koristiti ovaj alat za spaljivanje više kuglica različitih boja na cijeloj strani stupa.
