Bubble Tower 3D is een bubbel-knallend spel dat de speler een cilindrische stenen tempeltoren of -kolom presenteert, gedeeltelijk bedekt met zachte gekleurde ballen gemarkeerd met symbolen. Het doel van de speler is om een hoge score te behalen door de ballen uit de kolom te verwijderen.
De speler ontvangt een gekleurde projectielbal onderaan het open gedeelte van de kolom die het speelveld bevat. Wanneer ze interactie hebben met het scherm, rolt het spel de bal langs de zijkant van de kolom. De bal kan aan een enkele bijpassende bal of aan een of meer niet-matchende ballen blijven plakken. Als het in twee of meer bijpassende ballen rolt, springen alle ballen van dezelfde kleur eruit en verdwijnen ze.
Met het spel kan de speler de toren naar links en rechts draaien, zodat de speler een grotere kans heeft om bij elk schot ballen te matchen en te verwijderen. Als ze deze taak snel genoeg uitvoeren terwijl er een vermenigvuldigingsgetal op het scherm pulseert, ontvangen ze steeds hogere vermenigvuldigers en hogere punten. Deze bonusfunctie wordt elke keer opnieuw ingesteld als het vermenigvuldigingsnummer verdwijnt.
Bubble Tower 3D laat een nieuwe ring met ballen op de kolom vallen telkens wanneer de speler er vijf keer niet in slaagt een match te maken. Het helpt de speler ballen te verwijderen en matchmogelijkheden te openen door een voorbeeld van het volgende projectiel aan de linkerkant van het scherm boven vijf waarschuwingsballen weer te geven. Het geeft de speler ook elke twee minuten een vuurbal. Ze kunnen dit hulpmiddel gebruiken om meerdere ballen van verschillende kleuren langs een hele zijde van de kolom weg te branden.
