Bubble Tower 3D är ett bubbel-poppande spel som ger spelaren ett cylindriskt stentempeltorn eller -pelare täckt delvis av squishy färgade bollar markerade med symboler. Spelarens mål är att få en hög poäng genom att ta bort bollarna från kolumnen.
Spelaren får en färgad projektilboll vid basen av den öppna delen av kolumnen som innehåller spelplanen. När de interagerar med skärmen rullar spelet bollen upp längs sidan av kolonnen. Bollen kan klibba till en enda matchande boll eller en eller flera icke-matchande bollar. Om den rullar till två eller flera matchande bollar, poppar alla bollar av samma färg och försvinner.
Spelet låter spelaren rotera tornet åt vänster och höger så att spelaren har en högre chans att matcha och ta bort bollar med varje skott. Om de utför den här uppgiften tillräckligt snabbt medan ett multiplikatortal pulserar på skärmen, får de ständigt ökande multiplikatorer och högre poäng. Denna bonusfunktion återställs varje gång multiplikatornumret försvinner.
Bubble Tower 3D släpper en ny ring med bollar på kolonnen varje gång spelaren misslyckas med att göra en match fem gånger. Det hjälper spelaren att ta bort bollar och öppna matchmöjligheter genom att visa en förhandsvisning av nästa projektil på vänster sida av skärmen ovanför fem varningsbollar. Det ger också spelaren ett eldklot varannan minut. De kan använda det här verktyget för att bränna bort flera bollar i olika färger längs en hel sida av kolonnen.