Bubble Tower 3D to gra polegająca na przebijaniu bąbelków, w której gracz ma cylindryczną kamienną wieżę świątynną lub kolumnę pokrytą częściowo miękkimi kolorowymi kulkami oznaczonymi symbolami. Celem gracza jest zdobycie wysokiego wyniku poprzez usunięcie piłek z kolumny.
Gracz otrzymuje kolorową kulę pocisku u podstawy otwartej części kolumny zawierającej pole gry. Kiedy wchodzą w interakcję z ekranem, gra toczy piłkę po boku kolumny. Piłka może przykleić się do pojedynczej pasującej piłki lub jednej lub większej liczby niepasujących piłek. Jeśli zwinie się w dwie lub więcej pasujących do siebie kulek, wszystkie kulki tego samego koloru wyskoczą i znikną.
Gra pozwala graczowi obracać wieżę w lewo i prawo, dzięki czemu gracz ma większą szansę na dopasowanie i usunięcie piłek przy każdym strzale. Jeśli wykonają to zadanie wystarczająco szybko, podczas gdy na ekranie pulsuje liczba mnożnika, otrzymają coraz większe mnożniki i wyższe punkty. Ta dodatkowa funkcja resetuje się za każdym razem, gdy znika liczba mnożnika.
Bubble Tower 3D zrzuca na kolumnę nowy pierścień kulek za każdym razem, gdy graczowi pięć razy nie uda się dopasować. Pomaga graczowi usuwać piłki i otwierać możliwości dopasowania, wyświetlając podgląd następnego pocisku po lewej stronie ekranu, nad pięcioma kulami ostrzegawczymi. Zapewnia także graczowi kulę ognia co dwie minuty. Mogą użyć tego narzędzia do wypalenia wielu kul o różnych kolorach po całej stronie kolumny.
