Bubble Tower 3D é um jogo de estourar bolhas que apresenta ao jogador uma torre ou coluna de templo de pedra cilíndrica coberta parcialmente por bolas coloridas moles marcadas com símbolos. O objetivo do jogador é obter uma pontuação alta retirando as bolas da coluna.
O jogador recebe uma bola de projétil colorida na base da seção aberta da coluna que contém o campo de jogo. Ao interagirem com a tela, o jogo rola a bola pela lateral da coluna. A bola pode aderir a uma única bola correspondente ou a uma ou mais bolas não correspondentes. Se rolar em duas ou mais bolas iguais, todas as bolas da mesma cor estouram e desaparecem.
O jogo permite ao jogador girar a torre para a esquerda e para a direita para que o jogador tenha uma chance maior de combinar e remover as bolas a cada arremesso. Se eles executarem essa tarefa com rapidez suficiente enquanto um número multiplicador pulsa na tela, eles receberão multiplicadores cada vez maiores e pontos mais altos. Este recurso de bônus é reiniciado sempre que o número multiplicador desaparece.
Bubble Tower 3D lança um novo anel de bolas na coluna sempre que o jogador não consegue fazer uma combinação cinco vezes. Ajuda o jogador a remover bolas e a abrir possibilidades de jogo, exibindo uma prévia do próximo projétil no lado esquerdo da tela, acima de cinco bolas de advertência. Também fornece ao jogador uma bola de fogo a cada dois minutos. Eles podem usar essa ferramenta para queimar várias bolas de cores diferentes em todo o lado da coluna.