Το Bubble Tower 3D είναι ένα παιχνίδι που δημιουργεί φυσαλίδες που παρουσιάζει στον παίκτη έναν κυλινδρικό πέτρινο πύργο ή στήλη ναού καλυμμένη εν μέρει με σβέλτες χρωματιστές μπάλες σημειωμένες με σύμβολα. Ο στόχος του παίκτη είναι να κερδίσει υψηλό σκορ αφαιρώντας τις μπάλες από τη στήλη.
Ο παίκτης λαμβάνει μια έγχρωμη μπάλα βλήματος στη βάση του ανοιχτού τμήματος της στήλης που περιέχει το γήπεδο. Όταν αλληλεπιδρούν με την οθόνη, το παιχνίδι κυλά την μπάλα στην πλευρά της στήλης. Η μπάλα μπορεί να κολλήσει σε μία ταιριαστή μπάλα ή σε μία ή περισσότερες μη ταιριασμένες μπάλες. Αν κυλήσει σε δύο ή περισσότερες αντίστοιχες μπάλες, όλες οι μπάλες του ίδιου χρώματος σκάνε και εξαφανίζονται.
Το παιχνίδι επιτρέπει στον παίκτη να περιστρέφει τον πύργο αριστερά και δεξιά, έτσι ώστε ο παίκτης να έχει περισσότερες πιθανότητες να ταιριάξει και να αφαιρέσει μπάλες με κάθε σουτ. Εάν εκτελέσουν αυτήν την εργασία αρκετά γρήγορα ενώ ένας αριθμός πολλαπλασιαστή παλμού στην οθόνη, λαμβάνουν ολοένα αυξανόμενους πολλαπλασιαστές και υψηλότερους βαθμούς. Αυτή η δυνατότητα μπόνους επαναφέρει κάθε φορά που εξαφανίζεται ο αριθμός πολλαπλασιαστή.
Το Bubble Tower 3D ρίχνει ένα νέο δαχτυλίδι από μπάλες στη στήλη κάθε φορά που ο παίκτης αποτυγχάνει να κάνει έναν αγώνα πέντε φορές. Βοηθά τον παίκτη να αφαιρέσει μπάλες και να ανοίξει τις δυνατότητες αγώνα εμφανίζοντας μια προεπισκόπηση του επόμενου βλήματος στην αριστερή πλευρά της οθόνης πάνω από πέντε προειδοποιητικές μπάλες. Παρέχει επίσης στον παίκτη μια βολίδα κάθε δύο λεπτά. Μπορούν να χρησιμοποιήσουν αυτό το εργαλείο για να κάψουν πολλές μπάλες διαφορετικών χρωμάτων σε μια ολόκληρη πλευρά της στήλης.
