Monster Tree: Bubble Shooter ist ein Fantasiespiel, bei dem Blasen geplatzt werden. Die Nicht-Spieler-Charaktere Meiling und Arya versuchen, ein Baumhaus für Arya zu bauen. Der Spieler muss Blasen zerplatzen lassen, um zu diesem Zweck einen magischen Monsterbaum zu pflanzen, zu gießen und wachsen zu lassen. Außerdem sammeln sie mit ihren Aktionen Energie aus dem Baum, die ihnen Zugang zu den Bubble-Popping-Nebenspielen und Früchten verschafft, die sie sammeln, um hilfreiche Monster zu füttern und zu verjüngen.
Der Spieler erhält einen Ring-Shooter, zwei austauschbare Projektile und einen gepunkteten Zielpfeil im Stretch-Stil. Er muss Gruppen von drei oder mehr farblich passenden Blasen zerplatzen lassen, um Wasser zu sammeln. Mit der Zeit erhält der Spieler Booster und Upgrades, die das Bilden von Clustern erleichtern. Sie können einen Booster verwenden, der den Pfeil länger macht und ihm eine Zielblase hinzufügt. Sie können auch auf ein drittes austauschbares Projektil zugreifen.
Monster Tree: Bubble Shooter erschwert das Spiel in mehrfacher Hinsicht. Der Spieler kann Wassertropfen nur als Teil eines Clusters einsammeln. Bei Wasserfläschchen und Boostern muss er einen zusätzlichen Schritt machen. Diese Blasen vergrößern sich und blockieren Reihen von Blasen. Der Spieler muss dann einen separaten Schuss mit einem passenden Projektil zum Einsammeln ausführen.
Allerdings belohnt das Spiel den Spieler auch reichlich. Er erhält Boni, wenn er Cluster in Streifen auflöst. Außerdem erhält er viele Booster, wenn er Nebenaufgaben wie das Erreichen einer bestimmten Punktzahl erfüllt.