Bubble Cave es un juego de explotar burbujas que presenta varios elementos de juego únicos. En el interior de una cueva subterránea con forma de contenedor redondo, las burbujas y otros objetos caen automáticamente desde un disparador superior sobre una bola metálica oscura situada en el centro de la cámara. El objetivo del jugador es eliminar bolas de burbujas de colores en grupos de tres o más, ganar tantos puntos como sea posible y evitar que las bolas se amontonen hacia el tirador o contra las paredes de la cueva.
El jugador controla la rotación de la bola de metal. Arrastran una cadena metálica horizontal cerca de la parte inferior de la pantalla hacia la derecha y hacia la izquierda para girar la bola en el sentido de las agujas del reloj y en sentido contrario, respectivamente.
Bubble Cave dificulta el uso de la cadena y la alineación de la bola con las gotas para crear grupos de bolas de burbujas. La mayoría de las veces, el jugador gira la bola demasiado a la derecha o a la izquierda, lo que provoca que una bola caída no conecte con una bola del mismo color. Además, el juego deja caer objetos impenetrables como piedras grandes y objetos de doble impacto como burbujas cubiertas de hielo.
Dicho esto, el juego también deja caer burbujas potenciadoras del tirador, incluyendo burbujas transparentes que encierran estrellas doradas que transforman todas las burbujas en estrellas, llamas naranjas que queman al menos una burbuja tocada y rayos de energía azules que hacen explotar todas las burbujas del mismo color. También existe una burbuja portal. Un creciente agujero de gusano creado por ella transporta un gran grupo de burbujas iguales y no iguales y otros objetos a algún espacio invisible.
