Bubble Cave to gra polegająca na puszczaniu baniek, która zawiera kilka unikalnych elementów rozgrywki. Wewnątrz podziemnej jaskini w kształcie okrągłego pojemnika, bąbelki i inne obiekty spadają automatycznie z górnego strzelca na ciemną metalową kulę w środku komory. Celem gracza jest usuwanie kolorowych kulek w skupiskach po trzy lub więcej, zdobycie jak największej liczby punktów i zapobieganie gromadzeniu się kulek w strzelance lub na ścianach jaskini.
Gracz kontroluje obrót metalowej kuli. Przeciąga poziomy metalowy łańcuch w pobliżu dolnej części ekranu w prawo i w lewo, aby obrócić kulkę odpowiednio w prawo i w lewo.
Bubble Cave utrudnia korzystanie z łańcucha i wyrównywanie kuli z kroplami w celu tworzenia skupisk bąbelkowych kul. Najczęściej gracz obraca piłkę zbyt daleko w prawo lub w lewo, co powoduje, że upuszczona piłka nie łączy się z pasującą kolorystycznie piłką. Ponadto gra upuszcza obiekty, których nie da się uniknąć, takie jak duże kamienie i obiekty podwójnie trafione, takie jak bańki pokryte lodem.
Gra upuszcza również bańki wspomagające ze strzelanki, w tym przezroczyste bańki zawierające złote gwiazdy, które przekształcają wszystkie bańki w gwiazdy, pomarańczowe płomienie, które spalają co najmniej jedną dotkniętą bańkę, oraz niebieskie pociski energii, które wysadzają wszystkie bańki tego samego koloru. Istnieje również bańka portalu. Utworzony przez nią tunel czasoprzestrzenny przenosi duże skupisko pasujących i niepasujących bąbelków oraz innych obiektów w nieznane miejsce.
