Smarty Bubbles 2 dodaje nową dynamikę do zabawnej serii puszczania bąbelków. Wprowadza podwodny motyw z fioletowo-niebieskim polem gry i dźwiękami związanymi z bąbelkami wody. Podobnie jak w oryginale, gracz używa matowej strzały i pocisków, aby zdobywać punkty, pękając połączone linie błyszczących, przypominających cukierki bąbelków.
Gra rzuca wyzwanie graczowi, powodując, że bąbelki opadają w szybkim tempie, naprzemiennie z poziomu na poziom i oferując premię czasową zależną od czasu potrzebnego graczowi na ukończenie poziomu. Zawiera także niekończącą się grę, która w przypadku niepowodzenia przenosi gracza z powrotem do pierwszego poziomu. Awaria ma miejsce, gdy jakiekolwiek bąbelki ześlizgną się poniżej czerwono-czarnej poziomej linii w paski.
Za każdym razem, gdy gracz wystrzeliwuje jeden z pasujących do siebie kolorowych pocisków, uderzenie nieznacznie wstrzymuje opadanie rzędów. Chociaż gra zawsze pokazuje następny dostępny pocisk, nie oferuje narzędzia do wymiany. W rezultacie gracz musi użyć niepasującego pocisku, aby zyskać tę dodatkową sekundę, zanim szybko wystrzeli pasujący pocisk, aby utworzyć linię trzech lub więcej połączonych bąbelków.
Smarty Bubbles 2 wprowadza tęczową bańkę oznaczoną złotą gwiazdą, którą gracz musi trafić, aby zakończyć poziom i uzyskać najwyższy wynik. To powiedziawszy, gracz nie może uzyskać najlepszego wyniku, jeśli nie wyczyści wszystkich bąbelków, zanim w nie uderzy. Jeśli trafią jako pierwsi, pozostałe bąbelki opadną i odbiją się, nie dając w grze punktów.
