Smarty Bubbles 2 voegt nieuwe dynamiek toe aan de leuke bubbelknallende serie. Het introduceert een onderwaterthema met een paarsblauw speelveld en geluiden die verband houden met waterbellen. Net als in het origineel gebruikt de speler een matte pijl en projectielen om punten te verdienen door verbonden lijnen van glanzende, snoepachtige bubbels te laten barsten.
Het spel daagt de speler uit door de bubbels in een snel tempo te laten dalen dat van niveau tot niveau wisselt, en door een tijdbonus aan te bieden op basis van de hoeveelheid tijd die de speler nodig heeft om een niveau te voltooien. Het biedt ook eindeloos spel waarbij de speler terugkeert naar het eerste niveau als hij faalt. Er treedt een storing op wanneer bellen onder een rood-zwart gestreepte horizontale lijn glijden.
Elke keer dat de speler een van de kleurrijke bijpassende projectielen afvuurt, pauzeert de impact de afdaling van de rijen enigszins. Hoewel het spel altijd het volgende beschikbare projectiel laat zien, biedt het geen ruiltool. Als gevolg hiervan moet de speler een niet-bijpassend projectiel gebruiken om die extra seconde te winnen voordat hij snel een bijpassend projectiel afvuurt om een rij van drie of meer aan elkaar gekoppelde bubbels te creëren.
Smarty Bubbles 2 introduceert een regenboogkleurige bubbel gemarkeerd met een gouden ster die de speler moet raken om een level te beëindigen en de hoogste score te behalen. Dat gezegd hebbende, kan de speler niet de beste score behalen tenzij hij elke bubbel leegmaakt voordat hij deze raakt. Als ze hem als eerste raken, vallen de resterende bubbels en stuiteren ze weg zonder dat het spel punten oplevert.
