Smarty Bubbles 2 menambahkan dinamika baru pada seri meletuskan gelembung yang menyenangkan. Ini memperkenalkan tema bawah air dengan lapangan bermain biru keunguan dan suara yang berhubungan dengan gelembung air. Seperti aslinya, pemain menggunakan panah buram dan proyektil untuk mendapatkan poin dengan memecahkan garis-garis gelembung mengkilap seperti permen yang terhubung.
Permainan ini menantang pemain dengan membuat gelembung turun dengan kecepatan cepat yang bergantian dari satu level ke level lainnya dan dengan menawarkan bonus waktu berdasarkan jumlah waktu yang dibutuhkan pemain untuk menyelesaikan suatu level. Ia juga menampilkan permainan tanpa akhir yang mengembalikan pemain ke level pertama jika gagal. Kegagalan terjadi ketika gelembung meluncur di bawah garis horizontal bergaris merah dan hitam.
Setiap kali pemain menembakkan salah satu proyektil berwarna-warni yang serasi, dampaknya akan sedikit menghentikan penurunan baris. Meskipun game selalu menampilkan proyektil berikutnya yang tersedia, game ini tidak menawarkan alat pertukaran. Akibatnya, pemain harus menggunakan proyektil yang tidak cocok untuk mendapatkan detik ekstra sebelum mereka dengan cepat menembakkan proyektil yang cocok untuk membuat garis yang terdiri dari tiga atau lebih gelembung terkait yang terpasang.
Smarty Bubbles 2 memperkenalkan gelembung berwarna pelangi yang ditandai dengan bintang emas yang harus dipukul pemain untuk mengakhiri level dan menerima skor tertinggi. Meski begitu, pemain tidak bisa mendapatkan skor terbaik kecuali dia menyelesaikan setiap gelembung sebelum mencapainya. Jika mereka memukulnya terlebih dahulu, gelembung yang tersisa akan jatuh dan memantul tanpa memberi poin pada permainan.
