Bubble Cave is een bubbelspel met verschillende unieke spelelementen. In een ondergrondse grot in de vorm van een ronde container vallen bubbels en andere voorwerpen automatisch uit een schutter op een donkere metalen bal in het midden van de kamer. Het doel van de speler is om gekleurde bellenballen in clusters van drie of meer te verwijderen, zoveel mogelijk punten te verdienen en te voorkomen dat de ballen zich opstapelen tot aan de schutter of tegen de wanden van de grot.
De speler bestuurt de rotatie van de metalen bal. Je sleept een horizontale metalen ketting onderaan het scherm naar rechts en naar links om de bal respectievelijk met de klok mee en tegen de klok in te laten draaien.
Bubble Cave maakt het gebruik van de ketting en het uitlijnen van de bal met druppels om clusters van bubble balls te maken moeilijk. Vaker wel dan niet draait de speler de bal te ver naar rechts of naar links, waardoor de bal die hij laat vallen geen contact maakt met een bijpassende gekleurde bal. Bovendien laat het spel objecten vallen die je niet kunt raken, zoals grote stenen en objecten die dubbel worden geraakt, zoals bubbels met ijs.
Het spel laat ook boosterbubbels van de shooter vallen, waaronder heldere bubbels met gouden sterren die alle bubbels in sterren veranderen, oranje vlammen die ten minste één aangeraakte bubbel verbranden en blauwe energiebollen die alle bubbels van dezelfde kleur opblazen. Er bestaat ook een portaalbel. Een groeiend wormgat dat hierdoor ontstaat, transporteert een grote groep bijpassende en niet-bijpassende bubbels en andere voorwerpen weg naar een ongeziene ruimte.
