Cute Monster Bubble Shooter es un juego de explotar burbujas con cabezas de monstruos de estilo emoji. Contra una escena de la naturaleza presentada con un efecto bokeh, el jugador intenta ganar puntos y completar niveles reventando grupos de tres o más cabezas de monstruo iguales y recogiendo caramelos arremolinados rojos y blancos.
El juego desliza rápidamente filas de cabezas de monstruo hacia la parte inferior del campo de juego. Si el jugador no alcanza los caramelos lo suficientemente rápido, se muestran advertencias rojas parpadeantes que distraen al jugador (es decir, una barra horizontal a rayas diagonales rojas y blancas y una señal de stop roja con un signo de exclamación blanco) para que le resulte más difícil completar un nivel. Como no hay línea de puntería ni proyectiles intercambiables, el jugador debe hacer que cada disparo de un cañón de madera sea lo más preciso posible con la coordinación mano-ojo y la puntería manual de precisión.
Cute Monster Bubble Shooter ayuda al jugador con varias burbujas potenciadoras distribuidas por las filas de burbujas colgantes. El jugador puede apuntar a un reloj que ralentiza el descenso de las burbujas, dinamita envuelta que elimina las burbujas en una zona de explosión, rayos que eliminan las filas horizontales, cañones de circo que sirven como comodines y otras herramientas que revientan rápidamente las burbujas del campo.