O Cute Monster Bubble Shooter é um jogo de rebentar bolhas que apresenta cabeças de monstros felizes ao estilo de emojis. Contra uma cena da natureza apresentada com um efeito bokeh, o jogador tenta ganhar pontos e completar níveis, estourando grupos de três ou mais cabeças de monstro correspondentes e coletando doces vermelhos e brancos em espiral.
O jogo faz deslizar rapidamente as filas de cabeças de monstro em direção ao fundo do campo de jogo. Se o jogador não alcançar os doces com rapidez suficiente, o jogo mostra avisos vermelhos intermitentes (ou seja, uma barra horizontal vermelha e branca com riscas diagonais e um sinal de stop vermelho com um ponto de exclamação branco) para dificultar a conclusão do nível. Uma vez que não há linha de mira nem projécteis trocáveis, o jogador tem de fazer com que cada disparo de um canhão de madeira seja o mais preciso possível, com coordenação mão-olho e precisão manual de mira.
O Cute Monster Bubble Shooter ajuda o jogador com várias bolhas de reforço distribuídas pelas fileiras de bolhas suspensas. O jogador pode apontar para um relógio que abranda a descida das bolhas, dinamite embrulhada que remove bolhas numa zona de explosão, relâmpagos que eliminam filas horizontais, canhões de circo que servem de coringas e outras ferramentas que rebentam rapidamente as bolhas no campo.