Cute Monster Bubble Shooter to gra polegająca na puszczaniu baniek, w której pojawiają się wesołe głowy potworów w stylu emoji. W scenerii przyrody z efektem bokeh gracz stara się zdobywać punkty i ukończyć poziomy, wyskakując skupiska trzech lub więcej pasujących głów potworów i zbierając czerwono-białe zawirowane cukierki.
Gra szybko przesuwa rzędy głów potworów w kierunku dolnej części pola gry. Jeśli gracz nie dotrze do cukierków wystarczająco szybko, wyświetlane są migające czerwone ostrzeżenia (tj. czerwono-biały poziomy pasek w ukośne paski i czerwony ostrzegawczy znak stopu z białym wykrzyknikiem), aby utrudnić graczowi ukończenie poziomu. Ponieważ nie ma linii celowania ani wymiennych pocisków, gracz musi wykonać każdy strzał z drewnianej armaty tak dokładnie, jak to możliwe, dzięki koordynacji ręka-oko i ręcznemu precyzyjnemu celowaniu.
Cute Monster Bubble Shooter pomaga graczowi dzięki różnym bąbelkom wzmacniającym, rozmieszczonym w wiszących rzędach bąbelków. Gracz może celować w zegar, który spowalnia opadanie bąbelków, owinięty dynamit, który usuwa bąbelki w strefie wybuchu, błyskawice, które usuwają poziome rzędy, armaty cyrkowe, które służą jako dzikie karty i inne narzędzia, które szybko rozbijają bąbelki na polu.