Το Bubble Shooter Pro 3, το τρίτο παιχνίδι της ομώνυμης σειράς, προσφέρει πολύ περισσότερα στοιχεία πυροβολισμού φούσκας από το προηγούμενο παιχνίδι, συμπεριλαμβανομένων των επιτευγμάτων, των αλλαγών διεπαφής και του ανταγωνιστικού παιχνιδιού του leaderboard. Όπως συμβαίνει σχεδόν με όλους τους σουτέρ φυσαλίδων, ο πρωταρχικός στόχος του παίκτη είναι να κερδίσει τους περισσότερους πόντους. Όπως και με το Pro 2, προσπαθούν να αποτρέψουν τη γρήγορη ολίσθηση φυσαλίδων από το να φτάσουν στο κάτω μέρος της οθόνης. Μια σημαντική διαφορά με το Pro 3 είναι ότι πρέπει να προσπαθήσουν να προσπεράσουν άλλους παίκτες στον πίνακα κατάταξης για να δουν αν μπορούν να φτάσουν στην πρώτη θέση.
Το παιχνίδι ανταμείβει τον παίκτη για επιτεύγματα, όπως η επίτευξη συγκεκριμένου αριθμού πόντων ή αξίας σερί. Λαμβάνουν ακόμη και αναγνώριση για τη δημιουργία συγκεκριμένου αριθμού βολίδων και το παιχνίδι συνεχόμενων ημερών στη σειρά. Το παιχνίδι απαιτεί από τον παίκτη να πυροβολήσει μια φυσαλίδα βλήματος στις συρόμενες φυσαλίδες για να κάνει αγώνες που έχουν ως αποτέλεσμα τρεις ή περισσότερες ίδιες φυσαλίδες να πέφτουν από τις σειρές και να αναπηδούν σε τμήματα μιας περιοχής ανταμοιβής πόντων. Όταν ο παίκτης ρίχνει διαδοχικά φυσαλίδες, λαμβάνει πολλαπλασιαστές, που αντιπροσωπεύονται από μια αύξηση στις ανταμοιβές από τουλάχιστον 50 πόντους κατά τη διάρκεια του μη πολλαπλασιαστικού παιχνιδιού έως και 1.000 πόντους κατά τη διάρκεια αδιάκοπων σερί.
Το Bubble Shooter Pro 3 ανταμείβει επίσης τον παίκτη με βόμβες και βολίδες. Πρέπει να παρακολουθήσουν διαφημίσεις για να χρησιμοποιήσουν τις βόμβες. Παρακολουθούν την πρόοδό τους σε μια δίχρωμη μπλε οριζόντια γραμμή με στριφτές ρίγες στο πάνω κέντρο της οθόνης που διαθέτει ένα χαμογελαστό πρόσωπο στο ένα άκρο και ένα δώρο στο άλλο άκρο. Το παιχνίδι εμφανίζει κύκλους με εικόνες άλλων παικτών που ο παίκτης πρέπει να προσπεράσει για να λάβει επιπλέον πόντους.