Bubble Shooter Butterfly è un gioco scoppiabolle a tema farfalla ambientato in una bellissima area all'aperto che sembra una scena primaverile o estiva di un anime. L'obiettivo del giocatore è utilizzare uno spara-anelli per liberare le farfalle dalle bolle e guadagnare punti attraverso centinaia di livelli che diventano sempre più impegnativi nel tempo. Possono accedere ai livelli utilizzando l'opzione di continuazione dopo aver giocato a un livello o il pulsante di pausa per tornare alla mappa della schermata iniziale.
Il giocatore spara bolle di proiettili contro le bolle sul campo di gioco. Non ne ricevono di illimitati, il che significa che devono fare in modo che ogni colpo conti. Usano una linea di mira laser con uno strumento di mira ad anello chiaro, a forma di bolla, per effettuare colpi di precisione. Devono sparare un proiettile contro due o più bolle collegate corrispondenti per far scoppiare la linea o il gruppo. Se il proiettile secondario riesce a completare un tiro prima di quello primario, è necessario cambiare i proiettili selezionando il tiratore.
Bubble Shooter Butterfly fornisce al giocatore proiettili speciali per aiutarlo. Ad esempio, ricevono un proiettile Floral Beam che taglia una linea attraverso le bolle come un razzo. Inoltre, alcune bolle contengono lucciole che volano casualmente intorno al campo e fanno scoppiare le bolle dopo che il giocatore le ha liberate.
Dopo che il giocatore ha completato un numero sufficiente di livelli, riceve forzieri del tesoro che contengono monete e proiettili speciali. Ricevono monete e fino a tre stelle quando vincono un livello. Possono anche aprire uno scrigno del tesoro giornaliero e girare una ruota fortunata per raccogliere premi aggiuntivi.