Bubble Shooter Butterfly es un juego de hacer estallar burbujas con temática de mariposas y ambientado en una hermosa área al aire libre que parece una escena de primavera o verano de un anime. El objetivo del jugador es utilizar un tirador de anillos para liberar mariposas de las burbujas y ganar puntos en cientos de niveles que se vuelven más desafiantes con el tiempo. Pueden acceder a los niveles usando la opción de continuación después de jugar un nivel o el botón de pausa para regresar al mapa de la pantalla de inicio.
El jugador dispara burbujas de proyectiles a las burbujas en el campo de juego. No reciben ilimitados, lo que significa que deben hacer que cada disparo cuente. Utilizan una línea de puntería láser con una herramienta de puntería anular transparente en forma de burbuja para realizar disparos de precisión. Deben disparar un proyectil a dos o más burbujas vinculadas iguales para hacer estallar la línea o el grupo. Si el proyectil secundario puede completar un disparo antes que el primario, deben cambiar los proyectiles seleccionando al tirador.
Bubble Shooter Butterfly también le da al jugador proyectiles especiales para ayudarlo. Por ejemplo, reciben un proyectil Floral Beam que corta una línea a través de las burbujas como un cohete. Además, algunas burbujas contienen luciérnagas que vuelan aleatoriamente por el campo y explotan burbujas después de que el jugador las libera.
Una vez que el jugador completa suficientes niveles, recibe cofres del tesoro que contienen monedas y proyectiles especiales. Reciben monedas y hasta tres estrellas cuando ganan un nivel. También pueden abrir un cofre del tesoro diario y girar una rueda de la suerte para conseguir premios adicionales.